Le recul dans la démocratisation de l'enseignement se traduisit par un recul similaire au niveau de la scolarisation. Tout d'abord le taux d'analphabétisme restait élevé; il atteignait 75% au recensement de 1971. Les limites de l'âge scolaire obligatoire furent portées à 7 12 ans au lieu de 6 14 ans.

La création d'une Université nationale, considérée comme une composante de l'indépendance politique et culturelle, fut une priorité dans le plan de développement économique et social.

Toutes les données indiquent que le taux de scolarisation des Marocains était très faible (12% en 1954), notamment pour le secondaire et le supérieur, ce qui montre le caractère élitiste du système d'enseignement mis en place par le Protectorat. Cette faible scolarisation est confirmée par les taux d'analphabétisme chez la population marocaine (87% dans la partie française et 95% dans la partie sous domination espagnole), et par le nombre très limité de cadres formés, notamment enseignants (en 1944, 20% seulement des employés de l'administration du Protectorat étaient marocains, la plupart n'ayant que des fonctions subalternes).

La résistance au Protectorat se manifesta notamment par le refus de l'idéologie coloniale et la création d'un enseignement national moderne arabisé.

Un grand nombre de travaux historiques, sociologiques et linguistiques furent conduits par les Français entre 1905 et 1930; les résultats de ces travaux ont fait l'objet de publications dans des revues spécialisées ou des publications spéciales.

L'enseignement traditionnel des écoles coraniques et des nieclersa, dit "enseignement originel", fut conservé tel quel par les autorités du Protectorat. Le dahir du 26 juillet 1920 le plaça parmi les attributions du vizir de la justice et du Culte.

Avec l'instauration du Protectorat, commença la veritable "conquête morale" de la population musulmane le moyen de l'école. Un service de l'enseigneme4t fut créé, ainsi que quelques écoles à l'intention des Marocains musulmans dans les principales villes du Maroc. Quelques tentatives d'implantation d'écoles pour filles et d'organisation de cours du soir pour adultes marocains eurent lieu, dans l'intention de subvenir aux besoins immédiats de l'administration coloniale; ces tentatives n'eurent aucun succès. Une commission réunie à Rabat en 1915 sous la présidence de Lyautey jeta les bases politiques de "l'enseignement indigène", à savoir une discrimination ethnique et sociale. Deux dahirs, promulgués les 17 et 18 février 1916, créèrent deux "collèges musulmans", Fès et à Rabat; ces collèges étaient payants et résinés aux enfants issus de "l'école indigène". En même temps était créé un Conseil Supérieur de l'Enseignement Indigène. Le second dahir fixait le statut et l'organisation des écoles primaires indigènes, qui seraient de deux sortes: les "écoles de fils de notables", destinées à l'élite musulmane, et les écoles populaires, réservées à la majorité du peuple.

L'enseignement européen, organisé sur le modèle installé jusqu'alors à Tanger et Casablanca avec des moyens et des effectifs très réduits, fut pris en charge par le Service de l'Enseignement du Protectorat à partir de 1912. Cet enseignement comprenait des écoles primaires, des collèges et des lycées, à partir de 1914 1915, puis des écoles professionnelles et techniques, à partir de 1917, notamment à Casablanca. Le Service de l'Enseignement du Protectorat dut augmenter le nombre de ces écoles devant l'immigration intensive d'Européens pendant les premières années du Protectorat, surtout à Casablanca et Rabat.

L'Université de Fès, construite au milieu du IXe siècle, représentait le sommet du système d'enseignement marocain traditionnel; on pouvait s'y assurer une formation solide et poussée pour l'époque. Le simple oratoire du début fut progressivement agrandi par les sultans et les riches particuliers jusqu'au XIIIe siècle, époque où la Qaraouiyine prit sa forme actuelle (voir, dans le volume Arts et Traditions I, le chapitre C 221   La Qaraouiyine).